carpeta inaccesible

hola me ataco un virus creo que un troyano y ya formatie mi computadora pero en mi disco duro externo me marca que es inaccesible una carpeta y fue el mismo virus como puedo accesar y quitarle la proteccion.

Antes de nada te comento que en los discos externos existen carpetas con información del propio disco que no se deben de tocar.
Un vez aclarado lo anterior te dire que comiences por eliminar los spyware de la siguiente forma:
1.- Descargar y actualizar estas herramientas, que son gratis, pero no las ejecute aun:
- SpyBot S&D (http://www.safer-networking.org/fr/paragraphs/home_products.html)
- SUPERAntiSpyware (http://www.superantispyware.com/download.html)
- SpywareBlaster 3.5.1 (http://www.javacoolsoftware.com/spywareblaster.html) (Elegir la “Free edition”)
- CCleaner (http://cleaner.takedownloads.com/es/?gclid=CNa8oMKJ1pECFRc4ZwodVXxpbw)

2.- Desactivar el "Restaurar Sistema" (System Restore) solo en Win ME y XP.

3.- Iniciar el sistema en "Modo a Prueba de Fallos" (modo seguro)

4.- Ejecutar las herramientas Antispyware de a una e ir eliminado lo que estas encuentren:
- SpyBot S&D (SpyBot Search&Destroy)
- SUPERAntiSpyware
- SpywareBlaster 3.5.1

5.- Utilizar "CCleaner" para limpiar cookies y temporales.
a) Usar primero su opción de "Limpiador" para borrar cookies, temporales de Internet y todos los archivos que este te muestre como obsoletos.
b) Después usar su opción de "Registro" para limpiar todo el registro de Windows (haciendo copia de seguridad que te lo dirá el propio programa cuando vayas a limpiar).

6.- Reiniciar el sistema en modo normal.

7.- Analizar el sistema al menos con estos dos antivirus online:
Nota: Para analizar el sistema online hace falta una conexión a Internet.
- Kaspersky Antivirus Online (http://www.kaspersky.com/kos/spanish/kavwebscan.html)
- Ewido Online Scanner (http://www.kaspersky.com/kos/spanish/kavwebscan.html)

8.- Repetir los pasos 4 y 5 en modo normal

9.- Comprobar que el problema o malware haya desaparecido.

10. - Una vez eliminados los parásitos de su sistema le recomendamos, mantener su Antivirus siempre actualizado, complementarlo con un Antispyware como "SpyBot S&D" (residente en memoria) y SpywareBlaster 3.5.1.

**Nota 1 **
Antes de proceder con los pasos para eliminar spyware, desinstale programas como: Messenger Plus, KaZaA, eMule, etc.

**Nota 2 **
Para prevenir futuras infecciones de spywares es recomendable instalar SpywareBlaster 3.5.1. da unos resultados excelentes.

Todos los programas mencionados en este tutorial son de libre distribución.
Úselos bajo tu responsabilidad.

Una vez realizado estos pasos te puedo asegurar que no tendrás ningun spyware y si dejas el "SpyBot S&D" residente en memoria te avisrá cada vez que un programa o página web quiera instalarte algo en tu ordenador o cambiar tu registro, es una lata pero es la única forma que tienes de asegurarte que nadie instala nada en tu PC sin tu permiso. Cuando instales algo también te advertirá pero en estas ocasiones lo estás haciendo tú y tu decides.
Te adjunto un PDF que hice en su momento por si quieres guardarlo.
Saludos y buena suerte,
Malaga3000