lo mas probable es que tengas archivos de sistema dañados, lo que puedes hacer para solucionar eso es bootear desde el CD de instalacion y entrar en modo de recuperacion y una ves estando en modo de recuperacion ( Ojo: No es modo a prueba de fallos) le corres las siguientes utilidades: Fixboot, luego Fixmbr y por ultimo chkdsk con la opcion /R, luego le das exit para que pueda reiniciar la maquina y de seguro que despues va a iniciar sin problemas